Rumah Sakit Bhayangkara Pontianak berdiri dan diresmikan oleh Kapolda Kalbar Brigjen. Pol. Nuruddin Usman pada tanggal 28 Mei 2002 dengan pelaksana harian Kepala Rumah Sakit Bhayangkara Pontianak oleh AKBP dr. Tri Suharjono merangkap sebagai Kepala Biddokkes Polda Kalbar.

Dalam rangka pengembangan Rumah Sakit Bhayangkara Pontianak pada tahun 2014, Rumah Sakit Bhayangkara merupakan Satker dan terlepas dari Biddokkes Polda Kalbar. Rumah Sakit Bhayangkara Pontianak adalah milik Polda Kalbar yang dibangun diatas tanah seluas 4.727 m² dengan luas bangunan 2.597.76 m² yang terletak di kelurahan Parit Tokaya Kecamatan Pontianak Selatan.